Статья посвящена разработке эффективной цифровой технологии по регулированию деятельности организаций молочной отрасли. Для достижения поставленной цели предложено применить парадоксальную теорию регулирования, гипотеза которой исходит из того, что существует связь между регуляторным эффектом и параметрами молочной отрасли, не имеющими с ней функциональной связи (коэффициент корреляции близок к 0), через многоуровневую цепочку косвенных связей параметров, имеющих более тесную связь с регулятором. Методологическая база исследования основывается на иннодиверсификационном подходе в сочетании с имитационным моделированием, а эмпирической базой исследования послужили данные, размещенные в базах данных национального союза производителей молока. На основании гипотезы парадоксальной теории регулирования был разработан механизм действий, который позволил с использованием фактических данных, взятых из открытых источников, разработать цифровую модель молочной отрасли Республики Тыва. С использованием предложенной цифровой модели описана методика прямого прогноза параметров молочного подкомплекса региона. Главное отличие предлагаемой методики от предложенных ранее заключается в применении не только нерегулируемого временного фактора, но и регулируемого фактора в виде объемов средств государственной поддержки. Методика позволяет рассчитать три различных сценария развития молочного подкомплекса: пессимистический, ожидаемый и оптимистический. Также в статье предложена методика обратного прогноза, применение которой позволяет рассчитать необходимый объем средств государственной поддержки для достижения целевых параметров молочного подкомплекса любого уровня влияния.