Фундаментальная и прикладная ценность стратегического планирования состоит в формировании технологий перспективного развития организаций с учетом существующих трендов и состояния деловой среды. Перед современными учреждениями здравоохранения поставлены задачи обеспечения высокого качества предоставления медицинских услуг, достижения стратегических целей развития отрасли на основе анализа и обобщения лучших российских и мировых практик организации здравоохранения. Цель проведенного исследования заключалась в предоставлении опыта стратегического планирования организации медицинской науки. В ходе исследования использовались методы анализа и синтеза, обобщения и абстрагирования, а также элементы системного анализа для формализации способа управления процессом стратегического планирования. В статье представлен опыт стратегического планирования ФГБНУ «Научно-исследовательский институт комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний», в котором стратегическое планирование является процессом установления глобальных целей и поддержания стратегического потенциала меняющимся требованиям к российским научным и медицинским организациям. Уникальность опыта стратегического планирования в указанном учреждении состоит в том, что данный процесс организационно и функционально встроен в модель системы менеджмента качества учреждения, включающую четырнадцать процессов, распределенных по блокам. С целью эффективной работы по основным направлениям деятельности в учреждении разрабатывается стратегическая карта на определенный период (год или два года), которая является инструментом обеспечения согласованности действий основных заинтересованных сторон. В научной медицинской организации процесс стратегического целеполагания определяется необходимостью решения вопросов развития фундаментальных и прикладных исследований одновременно с оказанием медицинской помощи. Результаты исследования позволили авторам сделать вывод о возможности эффективной реализации описываемого процесса только после качественной адаптации существующих методов стратегического планирования к специфике деятельности организации. На современном этапе стратегическое планирование является единственным способом формального прогнозирования будущих проблем и возможностей развития организаций медицинской науки.