Представленная статья рассматривает основополагающие методы исследования биологического разнообразия естественных карстовых пещер. Рассмотрены методики изучения основных групп пещерных организмов всех уровней дислокационной дифференциации с учетом образования трофической зависимости и соответствующих экологических ниш. Пещеры – уникальные природные экосистемы, живое население которых часто формировалось в длительной изоляции и при значительно обедненных пищевых ресурсах. Карстовые пещеры возникают в результате разрушения горных пород под воздействием подземных вод и геологических процессов. Живые организмы, отмеченные в пещерных экосистемах, отличаются специфическими механизмами адаптации и подразделяются на 3 группы: троглобионты – постоянные обитатели пещер; троглофилы – оптимально приспособленные к специфической среде обитания; троглоксены – широко распространённые организмы, использующие пещеры сезонно. В пещерах встречаются представители всех основных групп организмов, населяющих биосферу: бактерии, грибы, низшие и высшие растения, членистоногие, рыбы, земноводные, рептилии, птицы и млекопитающие.